台灣光復後，民國35年由鄉公所民政課辦理，村幹事下村接受民眾申報戶籍登記後製作口卡（稱初次設籍）。民國41年成立戶籍課，設課長一人、戶籍員、事務員、雇員等編制，由部分村幹事納入戶籍課。民國43年戶籍法修正以前，由鄉長兼戶籍主任，戶籍課長兼副主任，核發戶籍謄本即有關戶籍通報等以連署作業，警察編分局派駐巡佐一名審核戶籍申請案件。

民國56年7月1日中央頒令正式成立戶政事務所將吉安鄉公所戶籍人員移撥花蓮縣警察局指導監督，正式納入警察編制成立花蓮縣警察局吉安鄉戶政事務所。民國81年7月1日因終止動員戡亂時期，修正戶籍法第七條戶政事務所回歸民政單位，改隸花蓮縣政府。

本所經首任主任趙靜波先生、郝堅、洗壽堅、劉賢盛、郭中村、陳紹東、翁武雄、陳聰明、李葳及現任主任林曾浩峰之領導和同仁共同努力下，於民國86年、93年、100年及103年共歷經4次戶政資訊系統電腦化及版本更新，提供民眾更快速、便捷之服務。

本所於90年12月19日遷移至本大樓，地址：吉安鄉吉安路二段１２４巷６號